Ψηλότερη θέση που κατέκτησε στο παγκύπριο πρωτάθλημα ήταν η τρίτη θέση. Ως κυπελλούχος 1989-90, η Νέα Σαλαμίνα έπαιξε για πρώτη φορά σε ευρωπαϊκά κύπελλα το 1990, όπου αποκλείστηκε από τον πρώτο γύρο του Κυπέλλου Κυπελλούχων Ευρώπης από την Αμπερντίν ΦΚ. Η ομάδα της Νέας Σαλαμίνας κυπελλούχος της περιόδου 1989-1990 Η ομάδα συμμετείχε στο Κύπελλο Ιντερτότο το 1995 και το 1997, όπου αποκλείστηκε. Στο Ιντερτότο 2000 η Νέα Σαλαμίνα, μετά από δύο νίκες απέναντι στην αλβανική ΚΦ Βλάζνια Σκόδρα προκρίθηκε στο δεύτερο γύρο του, όπου κέρδισε την Αούστρια Βιέννης εντός έδρας, αλλά αποκλείστηκε μετά το 3-0 εκτός στη Βιέννη. Σημαντική περίοδο στην ιστορία της ομάδας αποτελεί η περίοδος 1965-66, όντας μια από τις καλύτερες και συνάμα οδυνηρές περιόδους στην ιστορία της Νέας Σαλαμίνας, η οποία παραμένει ορόσημο της ομάδας μέχρι σήμερα. Σύμφωνα με μαρτυρίες και με τον τύπο της εποχής, η Νέα Σαλαμίνα έπαιζε το καλύτερο ποδόσφαιρο στην Κύπρο.
Στο κλιμάκιο Λάρνακας βοήθησε και ο Νίκος Πιτσιάουλος. Το δεύτερο κλιμάκιο λειτούργησε στη Λεμεσό με προπονητή το Μαυρίκιο Άσπρου. Η Νέα Σαλαμίνα αγωνιζόμενη στο Παλιό ΓΣΖ στα πρώτα χρόνια της προσφυγιάς Το ποδοσφαιρικό τμήμα αντρών είναι το σημαντικότερο και μακροβιότερο του σωματείου. Έδρα της ομάδας αποτελεί το στάδιο Αμμόχωστος Επιστροφή. Μεγαλύτερες επιτυχίες της ομάδας αποτελούν η κατάκτηση του κυπέλλου Κύπρου και της Ασπίδας το 1990.